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電気泳動における最適なゲルの割合の選択
視認性が低く、不鮮明で明確に分離されていないバンドや一貫性のない移動は、収率を減少させ、信頼できない定量データを生み出し、貴重な時間とリソースを浪費するゲル電気泳動によくある問題です。ゲルのパーセントが最適であることは、これらの問題を回避し、ワークフローを効率化するための非常に重要な要素です。
アクリルアミドゲル:タンパク質の分離
ポリアクリルアミドゲルは、以下の2つのパラメーターによって特徴付けられます:全アクリルアミドのパーセント(%T、in g/100 ml)および架橋剤の重量パーセント(%C)。これらのパラメーターの比率の変化により細孔径を変化させ、ターゲットタンパク質の分離と分解能を最適化します。タンパク質の大きさが小さいほど、アクリルアミド/ビスアクリルアミドのパーセントが高くなります(%T)。
分解能を向上させ、明確なバンドを形成するには、不連続バッファー系がタンパク質分離に使用されます。これは、細孔径の分離ゲルの上に大孔径の濃縮ゲルがある形態の2つのセクションに分けられたゲルを使用することによって実施されます。
- 濃縮ゲルは4%Tで、pH 6.8のバッファーで調製されます。
- 分離ゲルは、単一パーセント(一般に7.5%~20%の範囲)またはグラジエント(一般に4~15%および10~20%)でおよびpH 8.8のバッファーで調製されます。
以下がタンパク質の大きさに基づいた適切なゲルパーセントを選択するためのガイドです。
Protein size | Gel acrylamide percentage |
4–40 kDa | Up to 20% |
12–45 kDa | 15% |
10–70 kDa | 12.5% |
15–100 kDa | 10% |
25–200 kDa | 8% |
>200 | 4-6% |
Unknown Sample | 4-20% gradient or 8-16% gradient |
選択方法について:
- 単一パーセントのゲルを使用し、同じ分子量のタンパク質を分離する。ターゲットタンパク質はゲルの下半分へ移動する。これにより最適な分離となる。.
- 幅広い分子量のサンプルに対してはグラジエントを使用する。高い分子量のタンパク質はゲルの上部で分離され、低い分子量のタンパク質は低い部分で分離される。
- 未知のサンプルに対しては、ブロードグラジエントを使用します。ターゲットタンパク質の大きさの範囲が同定されると、単一パーセントのグラジエントを使用するとより良好に分離します。
- アクリルアミドは強力な蓄積性の神経毒であることにご注意ください:作業中は必ず保護手袋をご使用ください。.
アガロース:核酸の分離
一般的に、0.7%~2%のアガロースゲルが使用されますが、理想的なパーセントはフラグメントの大きさと、どの程度の分離が必要か、そしてゲルのスライスがさらに処理され洗浄されるかどうかに依存します。アガロースのパーセントがより高ければより小さいバンドの分解能が向上し、アガロースのパーセントがより低ければより大きい分子量のバンドの分解能と分離が向上します。広い範囲の大きさのサンプルに対しては、1.20%のアガロースゲル濃度で始めてください。
Resolution | Agarose % (w / v) |
1,000 – 30,000 bp | 0.50% |
800 – 12,000 bp | 0.70% |
500 – 10,000 bp | 1.00% |
400 – 7,000 bp | 1.20% |
200 – 3,000 bp | 1.50% |
50 – 2,000 bp | 2.00% |
類似した大きさのフラグメントを分離する方法について:
- 2.00%~3.00%までの高いパーセントのゲルを使用します。
- 泳動時間をより長くするためにより大きいアガロースゲルを使用します。
- バンドの鮮明度を向上させるためにより広くより薄いゲルコームを使用します。
- 高電圧を避け、ゆっくりとより長く泳動させます。
- 5~500 bpフラグメントの分離に連続ポリアクリルアミドゲル(濃縮ゲルでない)を使用します。
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