토양 샘플은 부식산(humic acid), 중금속(heavy metals) 및 기타 방향족 성분(aromatic components) 등과 같은 inhibitory compound가 존재하는 복잡한 환경으로, downstream analysis에 어려움이 있을 수 있습니다. SPINeasy DNA Pro Kit for Soil은 biomass가 낮거나 심하게 오염된 샘플 등 까다로운 토양 샘플 타입에서 순수한 microbiome genomic DNA를 추출할 수 있도록 고안된 제품입니다. SPINeasy DNA Pro Kit for Soil은 세균, 곰팡이, 바이러스, 원생 생물을 포함한 다양한 미생물 군집을 효율적으로 lysis 할 수 있습니다. 이 키트는 다양한 논문에서 인용되고 있는 FastDNA™ SPIN Kit와 수율면에서는 유사하지만, 순도는 훨씬 향상되었으며, 실험 시간도 단축되었습니다. 추출된 DNA는 PCR inhibition이 전혀 관찰되지 않았으며, 추가 inhibitor removal step 없이 long fragment PCR, qPCR, next-generation sequencing (16S 와 whole genome)을 포함한 downstream application에 바로 사용할 수 있습니다.
성능:
그림1. DNA quality: 다양한 biomass/contaminant content의 토양 샘플 250mg을 SPINeasy DNA Pro Kit for Soil과 타사 키트를 이용하여 DNA를 추출 진행. Medium biomass 그룹은 -20°C에서 12-24개월동안 보관된 샘플로, 이 경우 yield와 추출한 DNA의 integrity에 부정적인 영향을 미칠것으로 예상하고 실험진행하였습니다. DNA 수율과 순도(A260/280, A260/230 비율)는 spectrophotometer를 사용하여 4반복으로 측정되었으며, 위 그래프에서 각 점은 한번의 extraction 을 의미합니다. 가로 막대는 중위값을 나타냅니다. DNA integrity는 DNA gel을 사용하여 평가되었습니다. Low biomass 샘플의 경우, SPINeasy DNA Pro Kit for Soil 과 타사의 키트 (Q pro)를 비교하기 위해 거의 동일한 비율의 DNA elute를 전기영동 하였습니다.
그림2. Amplifiability: Inhibitor의 존재여부를 inhibitor-sensitive PCR과 정량 PCR 을 사용하여 분석 되었습니다 .
16s microbial analyses: 높은biomass 토양에서 범례에 나와있는 4종류의 키트를 사용하여 DNA를 추출한 후 박테리아 16S rRNA유전자의 hypervariable region V4을 증폭하였습니다. NovaSeq PE250 platform을 사용하여 시퀀싱 진행 후, Qiime 2 pipeline을 사용하여 분석하였습니다. 3회 반복 실험을 통해 얻어진 박테리아 종의 상대적 풍부도(relative abundance)는 그래프에서 보실 수 있습니다. 여기에 나와있는 비율(%) 값은 동일한 샘플에서 추출된 DNA 샘플의 그람 양성균 firmicutes (연두색)의 평균 비율을 나타냅니다. 오른쪽에는 각 방법에 해당하는 희박화 곡선(rarefaction curve)을 확인할 수 있습니다. 알파 다양성(alpha diversity)은 sequencing depth (수평축)에 따른 Operational taxonomic units (OTU)의 수 (수직축)로 측정되었습니다.
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아래에서 DNA Pro Kit for Soil (SKU: 116546000), 5 preps 샘플을 신청할 수 있습니다.
Application Notes
SPINeasy DNA Pro Kit for Soil은 세균, 곰팡이, 바이러스, 원생생물을 포함한 다양한 미생물 군집을 효과적으로 lysis 합니다. 이 키트는 다양한 논문에서 인용되고 있는 FastDNA™ SPIN Kit와 수율면에서는 유사하지만, 순도는 훨씬 향상되었으며, 실험 시간도 단축되었습니다. 분리된 DNA는 PCR inhibition이 전혀 관찰되지 않았으며, 추가 inhibitor removal step 없이 long fragment PCR, qPCR, next-generation sequencing (16S 와 whole genome)을 포함한 downstream application에 바로 사용할 수 있습니다.
Usage Statement
Research Use Only (RUO).
Key Applications
유전학, 분자생물학, 핵산 추출 및 정제, PCR, qPCR, 시퀀싱(NGS)
| SKU | 116546050 |
| Alternate Names | SPINeasy Pro Soil Kit, DNA Extraction Kit for Soil |
| Application Notes | SPINeasy DNA Pro Kit for Soil은 세균, 곰팡이, 바이러스, 원생생물을 포함한 다양한 미생물 군집을 효과적으로 lysis 합니다. 이 키트는 다양한 논문에서 인용되고 있는 FastDNA™ SPIN Kit와 수율면에서는 유사하지만, 순도는 훨씬 향상되었으며, 실험 시간도 단축되었습니다. 분리된 DNA는 PCR inhibition이 전혀 관찰되지 않았으며, 추가 inhibitor removal step 없이 long fragment PCR, qPCR, next-generation sequencing (16S 와 whole genome)을 포함한 downstream application에 바로 사용할 수 있습니다. |
| Base Catalog Number | 65460 |
| Product Line | SPINeasy |
| Components | 50x Lysing Matrix YB, 2 mL RNase A Solution, 55 mL Buffer S1, 22 mL Buffer S2, 50 mL Buffer S3, 28 mL Buffer S4, 40 mL Buffer S5, 6 mL Buffer S6, 50x Column S, 50x 2 mL collection tubes, 50x 1.5 mL collection tubes |
| Hazard Statements | Hazard Class 8 |
| Pack Size | 50 Preps |
| Personal Protective Equipment | Safety Goggles/Faceshield; Gloves |
| Sample Type | Soil, Up to 500 mg of soil samples, including sand, alkaline soil, clay, sediment, and topsoil |
| Sample Volume | Up to 500 mg of soil samples, including sand, alkaline soil, clay, sediment, and topsoil |
| Storage | Store at Room Temperature (15-25℃) in a dry environment |
| Usage Statement | Research Use Only (RUO). |
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